При помощи .bat файла можно добавить программу в автозагрузку. Так же .bat файл может закинуть в автозагрузку самого себя.

Код:

reg add "hklm\software\microsoft\windows\currentversion\run" /v "<пользователь>" /t reg_sz /d <путь файла/имя> /f-<запись в реестре>

Например:

reg add "hklm\software\microsoft\windows\currentversion\run" /v "Admin" /t reg_sz /d D:\\test.bat /f-Test

 Данный батник находится в корне диска D и при запуске добавляется в автозагрузку.

Так же есть удобный способ закинуть программу в автозагрузку через реестр Windows. 

Подробнее на видео: